Возбудитель вирусного гепатита С относится к семейству тогавирусов, роду флавивирусов. Представлен одноцепочечной РНК. Геном заключен в нуклеокапсид, имеющий поверхностную липид-содержащую оболочку с выступами-шипами, обусловливающими гемагглютинирующую активность ВГС. Вирус гепатита С относится к вирусам с РНК-позитивным геномом, т.е. геномная РНК служит одновременно и матричной, а сама РНК является инфекционной и введение ее в организм может вызвать инфекционный процесс. В настоящее время выделено 6 генотипов вируса. Высокая степень генетической изменчивости HCV способствует «ускользанию» вируса из-под иммунного ответа. С этим связаны трудности в создании вакцины и лабораторной диагностике (серонегативный гепатит С), а также частое первично-хроническое течение заболевания.
РНК HCV – обнаружение РНК вируса гепатита С методом ПЦР свидетельствует об активном размножении вируса, и высокой инфекционности. Важен для диагностики мутантных форм гепатита С. Один из основных показателей для назначения терапии препаратами интерферона, маркер эффективности терапии. Выявление РНК HCV является основанием диагноза гепатита С в случаях серонегативности, например, на ранней стадии инфекции, когда антитела к вирусу еще не развились, а также у пациентов с иммуподепрессией (в частности, после трансплантации органов), у которых антителогенез подавлен.
Количественное определение HCV RNA важно для оценки эффективности противовирусной терапии.
При определении РНК вируса гепатита С в ПЦР следует помнить о возможных причинах ложноотрицательных результатов, связанных с возможным разрушением РНК вируса или наличием в пробах ингибиторов Tag- полимеразы (гепарин, тальк и др.).