Возбудителем является дельта-дегенеративный РНК-вирус или вирусоид, нуждающийся в присутствии вируса гепатита В для своего размножения. Он может реплицироваться только используя его поверхностную оболочку HBsAg. в качестве своей. Нуклеокапсид вируса Д содержит также собственные белки внутренней оболочки.
РНК HDV – обнаружение РНК вируса гепатита дельта в сыворотке методом ПЦР является прямым доказательством присутствия вируса в организме, его активной репликации.